El parámetro más importante de la calidad de los probióticos es que las formas vegetativas o esporas tienen que ser viables para poderse multiplicar en el intestino. En segundo lugar deben ser resistentes a los antibióticos, que son administrados para que se pueda mantener la ecología del intestino. La ingeniería genética podría ayudar a desarrollar probióticos con propiedades especiales como la de secretar enzimas y vitaminas en grandes cantidades. Estos productos serían la futura generación de aditivos para piensos.

Los probióticos han sido utilizados a lo  grande como limpiadores de estanque en la piscicultura. Las bacterias pro bióticas directamente cogen o descomponen la materia orgánica o el material toxico y mejoran la calidad del agua. Los cultivos microbiales producen una variedad  de enzimas como amilasa, proteasa, lipasa, celulasa y xilanasa en altas concentraciones que las bacterias nativas, lo que ayuda en degradar los residuos. Estas bacterias tienen una amplia gama de tolerancia de la salinidad, temperatura, pH que suele existir en las operaciones de piscicultura. El uso de antibióticos en piscicultura está prohibido debido al rechazo de los envíos de exportación de los productos marinos. Por lo tanto se propaga el uso de los probióticos para contrarrestar el efecto de las infecciones virales y bacteriales en la piscicultura comercial. Los probióticos de estanque también tienen una mezcla especial de bacteria desnitrificante que elimina el nitrógeno del agua, fuente principal de alimentación del alga. Esta reducción drástica de la concentración de nitrógeno hace difícil la floración del alga. El equilibrio entre fitoplancton, zooplancton y la bacteria beneficiosa durante el periodo de cultivo desempeñan un papel crucial en el mantenimiento de la salud del  estanque. Todavía no hay un parámetro definitivo para juzgar la eficacia de los probióticos. Un conjunto de pruebas microbiológicas rápido y fácil de utilizar sería muy útil en la evaluación de la salud del estanque a diario.